2019年8月，生态环境部联合自然资源部、国家林草局印发《关于印发长江经济带120处国家级自然保护区管理评估报告的函》（环办生态函〔2019〕539号），江苏省大丰麋鹿国家级自然保护区在此次评估中名列前十。

为贯彻落实习近平总书记对长江经济带“共抓大保护，不搞大开发”指示精神，切实做好生态环境保护工作，麋鹿保护区设置了独立管理机构，建立了管理制度并开展了日常巡护工作，麋鹿数量也由建区时的39头增至5016头，占全世界的60%以上，其中野生麋鹿数量达1350头，为人类拯救濒危物种提供了成功的范例，使我国野生动物保护事业进入了一个新的领域。同时，保护区形成了“以科研促保护、以旅游促发展”的理念，有力地推动了地方经济社会的快速发展，获得了显著的社会效益、生态效益和经济效益。

此次评估历时两年（2017-2018年），生态环境部（原环境保护部）、原国土资源部、水利部、原农业部、原国家林业局、中国科学院、原国家海洋局等六部门周密计划，精心组织，相关行业相关领域专家认真参与，对有效提升自然保护地保护成效起到积极的推动作用。